La F.N.C.L. a été créée en 2002 par la fusion de plusieurs associations de négociants importateurs au sein de l'Association des Négociants en céréales et légumineuses (A.N.C.L.) elle-même créée en 1998.

En 2005, elle a intégré les principales associations régionales de commerçants de céréales, l’AMIPA (région de Fès) et l’AMCCL (région de Meknès).