La F.N.C.L. a été créée en 2002 par la fusion de plusieurs associations de négociants importateurs au sein de l'Association des Négociants en céréales et légumineuses (A.N.C.L.) elle-même créée en 1998.

En 2005, elle a intégré les principales associations régionales de commerçants de céréales, l’AMIPA (région de Fès) et l’AMCCL (région de Meknès).

L’Association Interprofessionnelle Marocaine des EXportateurs et Importateurs des Céréales, des Légumineuses et des Épices (AIMEXICLE) a rejoint la FNCL en 2020.